تنوع ژنتیکی به تنوع ژنی درون گونه ها اطلاق می شود. به عبارتی تنوع ژنتیکی، تنوع قابل توارث درون و بین جمعیتهاست. کلیه تنوعهای موجود با توالی چهار جفت باز تشکیلدهنده مولکول DNA، اجزا سازنده کدهای ژنتیکی مرتبط میباشند. انواع دیگری از تنوع ژنتیکی را نیز میتوان در کلیه سطوح سازماندهی شده در هسته شامل مقدار DNA، تعداد کروموزم و ساختار DNA شناسایی کرد. تنوع و تکامل ژنتیکی در جمعیتهای گیاهی می تواند بوسیله جهش، نوترکیبی، مهاجرت، رانده شدن ژنتیکی و گزینش ژنتیکی ایجاد شده باشد (۶۴). کسب اطلاع از فاصله ژنتیکی در بین افراد یا جمعیتها و آگاهی از روابط خویشاوندی گونه های موردنظر در برنامه های اصلاحی، امکان سازماندهی ژرمپلاسم و نمونه گیری مؤثر از ژنوتیپها را فراهم میسازد (۱). قدم اول در اصلاح خصوصیات گیاهی، فهم از ساختار کلکسیون ژرمپلاسم است که این موضوع به نوبه خود نمونه گیری سیستماتیک ژرمپلاسم را برای مقاصد اصلاحی و حفاظتی امکان پذیر میسازد. برای بهره برداری از منابع ژنتیکی با حداکثر کارآیی، شناخت مواد ژنتیکی نگهداری شده ضرورت دارد. ارزیابی نمونهها می تواند با توجه به هدف استفاده از ژرمپلاسم صورت گیرد که جنبه های اگرونومیکی، پاتولوژیکی، مورفولوژیکی، سیتولوژیکی، بیوشیمیایی و مولکولی از جمله این اهداف است. در راستای این ارزیابی نقاط قوت و ضعف تودهها و ژنوتیپها و پتانسیلهای موجود در آنها شناخته می شود. به عبارت دیگر در این ارزیابیها وسعت پایه ژنتیکی هر صفت معلوم میگردد (۱۲ ،۷ و۶) تنوع ژنتیکی یک صفت معین، اندازه پراکنش ارزشهای همان صفت است، به طوری که تأثیر محیط بر آن زدوده شده باشد. تنوع بین گیاهان یک گونه گیاهی خاص بر دو نوع است: تنوع بر اثر محیط، که به مقادیر مختلف تنش محیطی واکنش میدهد و با مقایسۀ گیاهان دو جمعیتی که از لحاظ ژنتیکی یکنواخت هستند، میتوان آنرا مشاهده نمود. تأثیر محیط روی یک گیاه، به نتاج آن منتقل نمی شود و بنابراین انتخاب در یک جامعه یکنواخت ژنتیکی، به جدا نمودن نژادهایی که در واکنش به تنشهای محیطی اختلاف دارند، نمیانجامد. تنوع ارثی به تنوع موجود در یک جمعیت مخلوط ژنتیکی، که از عوامل ارثی ناشی شده و به نتاج انتقال مییابد، اطلاق میگردد .از آنجایی که این نوع تنوع، ناشی از عوامل ارثی است و به نتاج قابلیت انتقال دارد، لذا در اصلاح نباتات و برنامه های اصلاحی حائز اهمیت است، منشأ تنوع ارثی در گیاهان، نوترکیبیهای ژنتیکی، تغییرات درکروموزومها و جهشها است (۷).
( اینجا فقط تکه ای از متن پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )
۱-۱۱-۱ اهمیت تنوع ژنتیکی و روشهای مختلف ارزیابی آن
شناخت کیفی و کمی تنوع ژنتیکی از اهمیت زیادی در علوم بیولوژی مانند اکولوژی، بیولوژی تکامل، تاکسونومی یا ردهبندی، ژنتیک و اصلاح نباتات برخوردار است. اهمیت تنوع ژنتیکی به خوبی برای همه روشن بوده و نشان داده شده است که کاهش تنوع ژنتیکی می تواند منجر به کاهش شایستگی و سازگاری به تغییرات محیطی گردد. ارزیابی تنوع ژنتیکی معمولاً در سطح مولکولی و با بهره گرفتن از چندین روش آزمایشگاهی انجام میگیرد که از آن میان میتوان به آللوزایمها[۷] ، آنالیز DNA[8] و ایزوزیم[۹]ها اشاره کرد که قادرند ارزیابی دقیقی از تنوع ژنتیکی را فراهم نمایند. ارزیابی ترکیب ژنتیکی گیاهان زراعی و مجموعههای ژنتیکی و قرابت بین آنها از گذشته های دور معمول بوده است، بطور تاریخی این تخمین براساس بیولوژی اندامهای جنسی، داده های اکوجغرافیایی، زیستشناسی، رنگیزهها و شجرهنامه و اخیراً با بهره گرفتن از نشانگرهای پروتئینی مانند ایزوزایم صورت میگرفته است همچنین تنوع ژنتیکی ممکن است با بهره گرفتن از صفات مورفولوژیکی نیز مورد ارزیابی قرار گیرد. بررسی صفات مورفولوژیکی به تکنولوژی گرانی نیاز ندارد ولی اغلب، این فعالیتها به زمین وسیعی نیاز دارند که این امر می‌تواند سبب شود که این روش نسبت به روشهای مولکولی هزینه بیشتری داشته باشد. بعلاوه این صفات اغلب تحت تأثیر نوسانات محیطی قرار می‌گیرند که موجب می‌شود ارزیابی تنوع تحت تأثیر محیط باشد. با بررسی مجموعههای ژنتیکی با بهره گرفتن از نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA، تفاوتهای ژنتیکی بیشتری مشاهده شده، این تفاوتها تحت تأثیر محیط و اثراتی مانند پلیوتروپی، اپیستازی و دوره رشدی گیاه نخواهند بود و امکان آگاهی دقیق و کافی از تنوع ژنتیکی در سطح DNA را فراهم میسازند. با توجه به اهمیت روزافزون تولید واریتههای برتر و نیاز به شناسایی و استفاده از آللها و ژنهایی که صفات مطلوبی را کنترل مینمایند، استفاده از نشانگرهای DNA روزافزون خواهد بود.
۱-۱۲ انواع نشانگرها:
مارکرها انواع مختلفی دارند. در یک تقسیم بندی کلی میتوان مارکرها را به صورت زیر دستهبندی کرد:
۱- مارکرهای مورفولوژیکی یا فنوتیپی
۲- مارکرهای مولکولی
مارکرهای مولکولی خود به دو دسته تقسیم میشوند:
۱- مارکرهای بیوشیمیایی
۲- مارکرهای DNA
۱-۱۲-۱ نشانگرهای مورفولوژیکی
مارکرهای مورفولوژیکی همانگونه که از نام آنها مشخص است از روی فنوتیپ ارزیابی میشوند و لذا ارزیابی آنها خیلی ساده است. تعداد این مارکرها کم است و پلیمورفیزم کمی نیز تولید می کنند. از طرفی در اغلب موارد مارکر فنوتیپی در واقع یک صفت نامطلوب است، مثلا کوتولگی بوته، ابلق بودن برگ ها و … . لذا امروزه از این نوع مارکرها استفاده نمی شود. نشانگرهای مورفولوژیکی اولین نشانگرهایی بودند که برای ارزیابی تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفتند (۲۰). نشانگرهای مورفولوژیک که پیامد جهشهای قابل رویت در مورفولوژی هستند، شامل دامنه وسیعی از ژن‌های کنترل کننده صفات مورفولوژیک میشوند که بر ظاهر یا فنوتیپ موجود مبتنی بوده و جزو نخستین نشانگرها به شمار میآیند که از زمانهای بسیار دور، یعنی زمانی که هنوز محل ژن روی کروموزوم مشخص نشده بود، مورد استفاده قرار میگرفتند. دلایل عمده محدودیت استفاده از نشانگرهای مورفولوژیکی عبارتند از: تعداد این نشانگرها کم بوده، وابسته به سن و مرحله رشدی گیاه هستند و غالباً از شرایط محیطی تأثیر میپذیرند و درضمن اساس ژنتیکی بسیاری از آنها هنوز مشخص نشده است. در صورتی که هنوز بررسی تنوع ژنتیکی بر اساس صفات مورفولوژیک یک گام اولیه در جهت توصیف و گروهبندی ژرمپلاسمها است (۵۷).
۱-۱۲-۲ نشانگرهای بیوشیمیایی
نشانگرهای بیوشیمیایی شامل موارد متعددی است. این نوع مارکرها نیز امروزه کارایی زیادی ندارند چرا که تعداد آنها کم بوده و پلیمورفیزم کافی ایجاد نمیکنند، لیکن نکته مثبت در آنها همبارز بودن است.
این گروه را میتوان به دستههای زیر تقسیم کرد:
الف. مولکولهای بیوشیمیایی کوچک: مثل ترکیبات فنلی، ترکیبات معطر و …
ب. پروتئینهای ذخیرهای: مثل گلوتنین و گلیادین که در گندم خصوصا در تعیین ارزش نانوایی کاربرد دارد.
ج. آیزوزایمها: اینها در واقع فرمهای مختلف یک آنزیم هستند که یک واکنش را کاتالیز می کنند ولی ممکن است سرعت فعالیت آنها متفاوت باشد. این مارکرها در دهه ۸۰ کاربرد زیادی داشتند. تنکسلی توانست بر اساس آیزوزایمها در گوجه فرنگی اولین نقشه لینکاژی را طراحی نماید. و معایب آیزوزایمها عبارتند از: تنها تعداد محدودی آیزوزایم برای هر گونه وجود دارد، تعداد سیستمهای آنزیمی چند شکل و قابل دسترس محدود است و مکانهای آنزیمی فقط شامل قسمت محدود و غیرتصادفی از ژنوم هستند (قسمت بیانشونده). بنابراین تنوع مشاهده شده ممکن است بیانگر کل ژنوم نباشد. اگرچه با این روش میتوان تعداد زیادی از نمونهها را بررسی کرد ولی مقایسه نمونهها از گونه‌های مختلف، مکانهای ژنی و آزمایشگاه‌های مختلف مشکل ساز است. بطوریکه این روش تحت تأثیر روشهای استخراج، بافت گیاه و مرحله رشد گیاه قرار میگیرد(۶۲و۴۲).
د. آللوزایمها آلل‌های متفاوت آنزیم‌ها هستند که یک ارزیابی از فراوانی ژنی و ژنوتیپی در درون و بین جمعیتها ارائه می‌دهند که این اطلاعات میتوانند جهت گروهبندی جمعیتها، تنوع ژنتیکی، جریان ژن، ساختار ژنتیکی گونه ها، مقایسه میزان تلاقی‌های بین‌گونه‌ای، ساختار جمعیت و واگرایی جمعیتها استفاده شوند (۴۲).
مزیتهای مهم این‌گونه نشانگرها عبارتند از: ارزیابی به صورت همبارز و بدون دخالت تأثیرات اپیستازی و پلیوتروپی، کاربرد آسان و هزینه پائین.
۱-۱۲-۳ نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA
مارکرهای DNA در واقع مهمترین و کاربردیترین سیستمهای مارکری هستند که گستردگی زیادی داشته و هرروزه در حال توسعه و تکامل هستند. از آنجا که در اولین سطح بیان ژن مطرح میشوند، خیلی دقیق بوده، دارای تنوع زیاد و پلیمورفیزم بالا هستند.
نشانگرهای مولکولی بر اساس آشکارسازی تفاوت (چندشکلی[۱۰]) موجود در بین اسیدهای نوکلئیک افراد مختلف عمل می‌کنند. این تفاوتها شامل پدیده‌های حذف، اضافه، جابجایی، دو برابر شدن و جهشهای نقطه‌ای است و تنها ژن‌های خاص و فعال را شامل نمی‌شود. نشانگرهای مولکولی علاوه بر اینکه تحت تأثیر محیط نیستند دارای مزیتهای زیر میباشند:
۱- تمام قسمت‌های ژنوم را پوشش می‌دهند (اگزون‌ها، اینترونها و نواحی تنظیمکننده).
۲- تحت تأثیر پلیوتروپی و اپیستازی قرار نمی‌گیرند.
۳- قادر به شناسایی تفاوت‌هایی هستند که تنوع فنوتیپی نشان نمی‌دهند.
۴- بعضی از آنها همبارز هستند.
روشهای مختلف مورد استفاده شامل: هضم و هیبریداسیون اسیدهای نوکلئیک، روشهای مبتنی بر واکنش‌های زنجیره‌ای پلیمراز ([۱۱]PCR) و یا ترکیبی از دو روش ذکرشده هستند. بعلاوه روشهای مختلف نشانگری میتوانند یک مکان یا چند مکان ژنومی را مورد بررسی قرار دهند. بطوریکه نشانگرهای چند مکانی[۱۲] قادرند بطور همزمان چندین مکان ژنومی را مورد بررسی قرار دهند. این نشانگرها مبتنی بر تکثیر تصادفی DNA بواسطه آغازگرهای الیگونوکلئوتیدی با توالیهای انتخابی هستند، این گونه نشانگرها را نشانگرهای غالب نیز می‌نامند. بنابراین امکان تشخیص حضور یا عدم حضور باند برای هر مکان وجود دارد ولی امکان تشخیص حالت‌های هتروزیگوت (A/-) یا هموزیگوت (a/a) برای آلل‌های مشابه وجود ندارد. در حالیکه نشانگرهای یک مکانی[۱۳] از کاوشگرها یا آغازگرهای ویژه برای مکانهای ژنی استفاده می‌کنند و قادر به تکثیر یا دورگگیری DNA با توالیهای شناختهشده هستند. این نشانگرها را نشانگرهای همبارز نیز می‌نامند که امکان تشخیص مکانهای هموزیگوت و هتروزیگوت را به ما می‌دهند(۴۲).
روشهای نشانگری پایه را میتوان به ۲ دسته تقسیم کرد:
۱-روشهای غیر مبتنی بر PCR یا روشهای مبتنی بر هیبریداسیون.
۲-روشهای مبتنی بر PCR
۱-۱۲-۳-۱ روشهای غیر مبتنی بر PCR
روشهای مولکولی مبتنی بر هیبریداسیون از اولین نشانگرهایی هستند که در مطالعات گیاهی مورداستفاده قرار گرفتند. این نشانگرها شامل استفاده از آنزیم‌های برشی و روشهای دورگگیری بودند (۵۹). آندونوکلئارهای هضمکننده، آنزیم‌های باکتریایی هستند که قادر به شناسایی توالی پالیندرم ویژه و برش DNA هستند که این برش سبب ایجاد قطعاتی با اندازه‌های مختلف می‌شود. تغییرات درون توالی (مثل جهش نقطه‌ای)، جهشهای بین مکانی (مثل حذف و جابجایی) و جهشهای درون مکان آنزیمی میتوانند منجر به تفاوت طول قطعات بعد از برش آنزیمی شوند. نشانگرهای RFLP[14] و تعداد متفاوت ردیف‌های تکراری ([۱۵]VNTR)، نمونه‌هایی از نشانگرهای مبتنی بر هضم و هیبریداسیون هستند. در RFLP چندشکلی DNA بوسیله هیبریداسیون کاوشگر (که به روش شیمیایی نشاندار شده است) با قطعاتDNA انتقال سادرنیافته انجام میگیرد که سبب ایجاد پروفایلهایی از قطعات DNA می شود. نشانگر RFLP دارای چندشکلی نسبتاً زیادی است، توارث همبارز داشته و تکرارپذیری بالایی نشان میدهد. در این روش لکه‌های DNA حاصل از دورگ گیری را میتوان پاک کرد و قطعات انتقال سادرنیافته را دوباره با کاوشگرهای [۱۶] RFLP جدید (۸ تا ۱۰ مرتبه) مورد بررسی قرار داد. با این وجود، این روش‌ها به علت وقتگیر بودن، داشتن مواد رادیواکتیویتهی گرانقیمت و سمی و نیاز به DNA با کیفیت و کمیت بالا به طور وسیع مورداستفاده واقع نمی‌شوند. بعلاوه این نشانگرها به اطلاعات اولیه از توالی DNA جهت ساختن کاوشگر نیاز دارند که سبب پیچیدگی روش می‌شود. این محدودیت‌ها سبب شده است که روشهای با پیچیدگی کمتر مانند نشانگرهای مبتنی بر PCR توسعه یابند (۴۲). بازرترین نوع این مارکرها، RFLP میباشد. VNTRها و میکروستلایتها نیز در این گروه قرار دارند. در این نوع مارکرها یک قطعه DNA نشاندار شده (پروب) جهت هیبریداسیون استفاده می شود. RFLP در سال ۱۹۸۰ توسط Botstain ابداع شد و دقت بسیار زیادی دارد، لیکن امروزه صرفا به دلیل وقتگیر و پرزحمت بودن آن، کمتر استفاده می شود.
۱-۱۲-۳-۲ نشانگرهای مبتنی بر PCR
این نشانگرها که کاربرد آنها سیر صعودی دارد، توسط مولیس و همکارانش (۱۹۸۶) توسعه پیدا کرده و از واکنش‌های زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) پیروی می‌کنند. این تکنیک شامل تکثیر چندین قطعه DNA مجزا است که توالیهای اطراف آنها بسیار مشابه آغازگر میباشد، این نواحی باید به قدر کافی به همدیگر نزدیک باشند تا تکثیر انجام گیرد. استفاده از آغازگرهای تصادفی محدودیت داشتن اطلاعات اولیه برای انجام PCR را ندارد. روشهای مبتنی بر PCR را میتوان به دو گروه: ۱- روشهای مبتنی بر PCR توالیهای غیر ویژه. ۲- روشهای مبتنی برPCR توالیهای هدف[۱۷] تقسیم کرد. در این قسمت تعدادی از نشانگرهای مبتنی بر PCR توضیح داده می شود (۴۲).
۱-۱۲-۳-۲-۱ نشانگرRAPD[18]:
نشانگر RAPD، نخستین نشانگر مولکولی مبتنی بر واکنش زنجیره پلیمراز بود که برای بررسی تنوع ژنتیکی مورداستفاده قرار گرفت. مارکرهای RAPD از طریق تکثیر تصادفی DNA ژنومی و با بهره گرفتن از آغازگرهای کوتاه ایجاد میشوند. تفکیک قطعات حاصل بر روی ژل آگارز در حضور اتیدیوم بروماید صورت میگیرد، و در نهایت، زیر نور ماوراء بنفش مشاهده میگردد. اگرچه آغازگرها دارای توالیهای تصادفی هستند، قادر به یافتن توالیهای هومولوگ مناسب روی رشته DNA میباشند. چندشکلیهای DNA بدلیل نوآرایی یا حذف در محل اتصال آغازگرها یا ناحیه قابل تکثیر ایجاد میشوند (۶۸).
۱-۱۲-۳-۲-۲ نشانگر[۱۹]AFLP:
برای غلبه بر محدودیت تکرارپذیری RAPD، تکنولوژی AFLP توسط شرکت هلندی کیجن[۲۰] توسعه پیدا کرد (۶۸). نشانگر AFLP توسط هضم DNA با دو یا چند آنزیم برشی، اتصال آداپتور به دو انتهای قطعات، PCR با آغازگرهای اختصاصی و جداسازی قطعههای حاصل روی ژل پلی اکریل امید صورت میگیرد (۱۲). با توجه به نتایج بدستآمده از آن تکنیک مقرون به صرفه و دارای تکرارپذیری، ثبات و قابلیت اطمینان بیشتری نسبت به مارکر RAPD میباشد به همین دلیل بطور وسیعی در تهیه نقشه کروموزومی گیاهان مورداستفاده قرار گرفته است. در استفاده از این مارکر باید مراحل انجام کار با دقت و کیفیت بالا صورت گیرد (۶۵).
۱-۱۲-۳-۲-۳ نشانگر[۲۱]SSR:
مورگانت و اولیویری در سال ۱۹۹۳ برای اولین بار ریزماهوارهها را در توالی گیاهان گزارش کردند. ریز ماهوارهها یا ردیف های تکراری ساده (SSR) شامل واحدهای نوکلئوتیدی تکی تا شش تایی تکرار شونده هستند که در ژنوم بیشتر یوکاریوتها پراکندهاند (۲۶). معمولاً تکرارهای ۱ تا ۴ نوکلئوتیدی در ژنوم یوکاریوتها بیشتر یافت میشوند. ریزماهوارهها به صورت طبیعی در نواحی غیر کدکننده DNA از قبیل اینترونها و تـوالیهای بین ژنی دیده میشوند. ریـز مـاهوارهها معمولاً نـزدیک بـه SINEs[22] و LINEs[23] ها و نزدیک به عناصر شبه رتروترانسپوزونها دیده میشوند (۲۵). ریزماهوارهها به نواحی کدکننده ژنوم نیز متصل
شده اند (۱۸). ریزماهوارهها در نقشهیابی ژنومی، انگشتنگاری DNA، سازماندهی ژرمپلاسم و مطالعات سیتوژنتیکی و ارزیابی تنوع ژنتیکی درون جمعیتها استفاده میشوند (۱۲). ریزماهوارهها به دلیل همبارز بودن و تبعیت از توراث مندلی و تشخیص آسان افراد هموزیگوس از هتروزیگوسی در بررسی تنوع ژنتیکی و انتخاب والدین برتر استفاده میشوند (۵۶). نشانگر SSR به دلیل همبارز بودن و سطح بالای چندشکلی و کاربرد آسان این تکنیک، یک روش مناسب برای بررسی تنوع ژنتیکی به حساب می آید(۱۸).
۱-۱۲-۳-۲-۴ نشانگرISSR[24]:
زیتکیویز و همکاران در سال ۱۹۹۴ نشانگر مولکولی جدیدی (مبتنی بر PCR) به نام ISSR را معرفی کردند(۷۶). این تکنیک شامل تکثیر قطعات DNA موجود در فواصل قابل تکثیر بین دو توالی تکراری ریزماهواره است که در دو جهت مختلف آرایش یافتهاند. در این نشانگرها معمولاً از ریز ماهوارههایی با طول ۲۵-۱۶ جفت باز به عنوان آغازگرهایی که در یک واکنش PCR مکانهای ژنومی زیادی را مورد هدف قرار می دهند استفاده می کنند و به دلیل طویل بودن آغازگرها، تکرارپذیری بالایی دارند، همچنین طول قطعات تکثیری با هم متفاوت میباشند. تکرارهای ریزماهواره که به عنوان آغازگر استفاده میشوند، اصولاً دو، سه، چهار یا پنج نوکلئوتیدی میباشند. این آغازگرها می توانند بدون باز اضافه (۵۵،۳۳و۲۵) یا دارای ۱ تا ۴ باز اضافی به صورت لنگر در انتهای ´۳ یا ´۵ باشند (۷۶). نشانگرISSR تصادفی بوده و تکرارپذیری و چندشکلی بالایی دارد و در طیف وسیع از گیاهان استفاده می شود. میزان تکرارپذیری در نشانگر ISSR بین ۹۵-۹۲ درصد است. بخصوص زمانی که از ژل پلیاکریلآمید استفاده گردد. این تکنیک نیازمند اطلاعات اولیه در مورد توالی ژنوم نیست و الگوی چندشکلی زیاد و چند لوکوسی ایجاد مینماید. میزان DNA مورد استفاده در این تکنیک بسته به نوع گیاه متفاوت و در حدود ۱۰ تا۵۰ نانوگرم میباشد (۴۳). نشانگرهای ISSR، اغلب به عنوان نشانگرهای غالب معرفی میشوند که از قوانین توارث مندلی تبعیت می کنند (۶۶،۵۶ و ۲۵).
۱-۱۲-۳-۲-۵ نشانگرSRAP[25]:
لی و کویروس در سال ۲۰۰۱ برای اولین بار نشانگر مولکولی جدیدی به نام SRAP را معرفی کردند(۳۴). SRAP، تکنیک نشانگر تقریبا جدیدی است که توالی کددهنده ژنوم را توسط پرایمرهای ۱۷ تا ۱۹ نوکلئوتیدی هدفگیری می کند (۴۰) که به خصوص برای تکثیر توالی (Open Reading Frame) ORF مورد استفاده قرار میگیرد و بر مبنای ۲ پرایمر تکثیرکننده میباشد (۵۵) . این سیستم نشانگر حتی قابلیت تشخیص میزان بالائی از پلیمورفیسم را نیز در بین گونه ها دارد (۴۷).
مارکرهای SRAP تمام ویژگیهای یک مارکر مولکولی مناسب را از قبیل همبارز بودن دارد یعنی می تواند هوموزیگوتها را از هتروزیگوت ها تشخیص دهد (۳۵). پرایمر forword دارای ۱۷ جفت نوکلوئید است که ۱۴ نوکلوئید آن ثابت و غنی ازG,C است و۳ نوکلئوتید متغیر آن در انتهای /۳ قرار دارد. این پرایمر ترجیحا ناحیه اگزون را تقویت می کند (ناحیه اگزون غنی از G,C است). پرایمر Reverse دارای ۱۹ جفت نوکلئوتید است که ۱۶ نوکلئوتید آن ثابت و غنی ازA,T است و۳ نوکلئوتید متغیر آن در انتهای /۳ قرار دارد. این پرایمر ترجیحا ناحیه اینترونها وپروموتورها را تقویت می کند (۳۵). پلی مورفیسم اساساً از تنوع طول این اینترونها وپروموتورها و فاصلهها، ایجاد می شود. ۳ نوکلئوتید متغیر انتهایی SRAP می تواند بر طبق طراحی ترکیبات مختلف پرایمری تغییر کنند. جفت پرایمرها میتوانند با ترکیب پرایمر forword و reverse ترکیبات جدیدی را ایجاد کنند که هزینه سنتز پرایمرها را کاهش میدهد و استفاده از پرایمرهای موثر را افزایش میدهد (شکل۱-۴).
Ferriol و همکاران گزارش دادند نشانگر SRAPبیشترین هماهنگی را با تغییرات مورفولوژی نسبت به سایر نشانگرها دارد. زیرا SRAPباعث تکثیر توالی ORFs(قالب خواندنی باز) می شود که در واقع این توالی هدف در ارتباط مستقیم با بروز صفات مورفولوژیکی در موجودات میباشند. Budakو همکاران (۲۰۰۴). چهار نشانگر درbuffalograss براساس قدرت تنوع ژنتیکی مقایسه کردند(۷۱،۳۶،۴۳و۳۵).
SRAP> SSR> ISSR> RAPD
